Explicate bien, los archivos van a estar en varios directorios y te refires donde pones la dirección de los directorios? Si es lo primero, deberías poner un select en los que vayan los directorios y otro código para que se enlace, si es lo segundo pues debes saber que la dirección absoluta de un archivo es la siguiente:
http://www.dominio.com/directorio/archivo.doc
Tendrías que completar la dirección de tu archivo con la carpeta. De todos modos me parece que lo que quieres hacer es demasiado incómodo para los usuarios, deberías darles todos los links para que descarguen tus archivos en lugar de tener que escribir sus nombres.