Si está en FAT32 no puedes grabar archivos mayores que 4 GB, pero no hay otra limitación...
Dinos cómo lo conectas (USB, ethernet, etc...), modelo del disco, no sé... todo lo que veas interesante. También verifica que no tenga un modo "seguro" para evitar escribir datos en él (en las memorias flash usb hay un interruptor para eso, no sé si el disco duro tendrá algo parecido o alguna opción del menú).