Que es mejor en una tabla de paso

[Goomba]

Hola a todos tengo la siguiente duda mira tomemos como ejemplo tengo este caso tengo una tabla modelo y una tabla cracteristicas estas se relaciuonan de la siguiente forma

modelo---[1.n]--- detallecarcateristicas-------[1.n]------ caracteristicas

mi duda esta en que es mejor eliminar los detalles caracteristicas y volver a ingresarlas o actualizar y agregar las nuevas, estas caracteristicas se van selecionando con un checkbox y se deben almacenar, mi duda salio ya que la tabla dte cara guarda el codigo del modleo y el codigo de la caracteristica y nada mas y me salio algo complejo poder actualizar uno a una cada variable y actualizar la tabla.
Espero haberme aclarado lo sufucuente porque me sale algo enredado explicar las sityacion bueno agradesco de antemano toda la ayuda.
atte.
Goomba