Hola,
Personalmente nunca tuve este caso, pero se que el programa
SQLyog (muy buen GUI para manejar MySQL) es útil para migraciones ya que permite importar datos de varias fuentes. Hay que tener cuidado con las conversiones automáticas que te sugiere SQLyog porque a veces no es la correcta; por eso es imprescindible dominar los tipos de campo de las dos bases de datos.
Otra forma que conozco es haciendo uso de Access, y usarlo como puente entre ambos, y podés exportar desde SQL Server a MySQL....los casos que vi no tuvieron problemas, pero por lo que veo ya lo probaste.....
Personalmente iría por la primera opción primero
Espero tengas suerte!
Saludos
