aqui tienes una idea
Código HTML:
<script language="javascript">
function comparar(){
with(document.forms[0]){
var auxfec1=Date.parse(select1.value+'/'+select2.value+'/'+select3.value);
var auxfec2=Date.parse(select4.value+'/'+select5.value+'/'+select6.value);
}
if (auxfec1<auxfec2){
alert('fecha2 mayor que fecha1');
}
else if(auxfec1>auxfec2){
alert('fecha1 mayor que fecha2');
}
else{
alert('fecha1 es igual a fecha2');
}
}
</script> saludos