Podrias manejarlo desde la aplicacion, por ejemplo poner un list box o cualquier otro control, para que al momento de dar de alta un cliente, se defina tambien a que empresas esta relacionado, y dependiendo de la seleccion, insertar las referencias ClienteEmpresas.
No es necesario que exista el atributo de empresa en la tabla cliente, ni viceversa, ya que para eso esta la tabla relacion.
Saludos!