Mira el codigo fuente que te genera ese codigo, y mira cuantas funciones eliminar() javascript te ha creado. Veras una por registro. En la pagina web solo puede haber una funcion javascript con ese nombre, si hay mas el navegador ejecuta la ultima definida en el codigo. Saca la funcion javascript eliminar() del bucle, metela dentro del <head>, y ponle 1 parametros javascript 'foto'. En el bucle, en el onclick la llamas pasandole el valor de $res["foto"].
Para borrar el fichero tiene unlink()
www.php.net/unlink