Según te entiendo, quieres agrupar por el campo CodCliente a menos que esté en blanco, en cuyo caso quieres agrupar por CodCuenta...
Código:
SELECT COALESCE(NULLIF(Cuenta.CodCliente, ''), Cuenta.CodCuenta),
Cuenta.CodCliente,
SUM(Precios.pvp) AS SumaDePVP
FROM Cuenta
INNER JOIN Precios
ON Cuenta.CodCuenta = Precios.CodCuenta
GROUP BY COALESCE(NULLIF(Cuenta.CodCliente, ''), Cuenta.CodCuenta)