El default equivale a 4KB y es lo más indicado para particiones que usen como sistema de archivos a NTFS (aceptado por sistemas Windows 2000 en adelante).
El tamaño de clúster define cuánto espacio tendrá cada unidad mínima de almacenamiento en la estructura lógica del disco. Un pequeño ejemplo: supongamos que tienes un archivo de texto cuyo peso es 2KB, entonces para almacenarlo en tu disco duro requerirías de un casillerito de 4KB; pero al guardar un archivo en un clúster éste ocupará todo el espacio del clúster aún cuando no tenga todo el tamaño de éste último. Si el tamaño de clúster fuera de 8KB, por ejemplo, estarías desperdiciando 6KB al almacenar ese arhivo. Si multiplicas ese espacio perdido por todos los archivos que tienes en tu disco duro, al final la pérdida se siente.
Ahora, esto tampoco significa que setees un tamaño de clúster de 1KB, puesto que haría más lenta la ubicación de los archivos.
Recomendación final: 4KB está bien
Suerte