Al trabajar con ese tipo de comandos siempre hay un pequeño riesgo de dañar alguna partición; pero este daño (de producirse, cosa muy poco probable) sólo afectaría a la estructura básica de la partición mas no a los datos. Y, por último, ese error se puede solucionar luego con otras herramientas, claro, todo sería más complejo pero como te digo la probabilidad de que ocurra es bajísima.
De todos modos te lo digo por sea caso.
Suerte