Hola,
si estás trabajando en un proyecto de tres capas lo mejor es que tengas en una clase en un
modelo que interactúa con la base de datos y que puede ser llamado desde un
controlador que se encarga de la parte lógica para que finalmente todoa la data a mostrar sea enviada a la
vista, que es la que contiene los templates de cada página.
Dale una mirada a
CodeIgniter para que te aclares un poco.
