No creo que el classpath sea importante en ese caso.
Las clases principales de java la extrae de:
Código:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jdk1.6.0_03
export JRE_HOME=/usr/lib/jre1.6.0_03
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
Esas son la únicas líneas que agregué a "$HOME/.bashrc" (usando bash).
Y no tengo ningún problema ejecutando cualquier aplicación desde la consola.
(NetBeans lo encontró automáticamente, Eclipse tuve que modificar "/etc/eclipse/java_home" y agregar "/usr/lib/jdk1.6.0_03", para utilizar el JDK de SUN)
Espero que sea de ayuda,
