No se, no lo he probado pero al leer tu pregunta recordé que en un trabajo teniamos una tarea programada que lo reiniciaba cada ciertos días. Lo hacíamos con el
IISReset,
supongo que si se llama esa instrucción desde un script mediante ShellExecute, podría funcionar.
Aunque si tu Panel de Control corre en el servidor y detienes el IIS, deduzco que quedaría inservible la sesión, debes pensarle bien como lo vas a implementar (si es que funciona, claro).
Saludos