Gracias por el aporte, al final lo que hice fue googlear el software que me diste y me tope con este
link, luego me busque en los repositorios de debian el istanbul (los otros no los encontre) y lo instale, hace exactamente lo que deseo con la unica salvedad del formato de salida y la calidad del video. Voy a configurarlo, vere que se puede hacer para mejorar la calidad.
P.D.T. Quise instalar todas las versiones del
xvidcap pero siempre me decia que tenia librerias viejas y que necesitaba las nuevas