problemas con mod_rewrite!!!

[aloqui]

Lo he visto, pero eso ya no es problema del mod_rewrite.
El mod_rewrite sirve solo para que el servidor Apache sepa "redirigir" una URL externa a un fichero o programa interno.
En tu caso el problema está en como estás generando los links desde tus programas .php (creo que se llama prototipo_tienda\conf\funciones.php).
Puedes probar a generar las URL absolutas en lugar de relativas. O si las generas relativas, probablemente te falte por añadir algun nivel hijo ("../") al inicio de las URLs.