Desde la semana pasada estoy en algo similar. No sabría responderte con respecto a Scriptaculous, pero sé de unos scripts que cumplen la función que pides.
Drag and drop - quiz script. En el
ejemplo 2 puedes ver cómo se arrastran datos a cajas que permiten una sola respuesta.
Éste también hace casi lo mismo,
Drag and drop to columns. En
este ejemplo sólo e permite un dato por caja, pero el mismo dato se puede repetir en las otras.
Te dejo el enlace de la lista completa de drag-drop:
http://www.dhtmlgoodies.com/index.html?page=dragDrop
Otra cosa que me gusta de éstos scripts es que son mucho más livianos en Kb que el Scriptaculous.