Hola hscnet:
Explica mejor tu caso, porque si solo tiene que haber una capa visible, y poderla cerrar, para cerrarla (ocultarla) debes poner su estilo display con valor "none", o visibility= "hidden" (esta última reserva espacio, pero si son capas flotantes tal vez no importe)
Al cerrar la capa, se puede poner la variable capaActual = null;
Y para mostrar nuevas capas consultar ese valor... pero me imagino que debe ser un caso algo más complejo.
Saludos