Hola:
Si puede haber varios nombres con el mismo rut, tendrás un problema, puesto que en el jcombobox aparecerá el nombre repetido varias veces y el usuario no sabrá cual es el del rut correspondiente.
Para guardar las parejas, haz una clase Persona -o el nombre que quieras- con los dos datos rut y nombre. Cuando hagas las consultas, vete creando new Persona() y rellenando ambos datos. Luego vete metiéndolos, por ejemplo, en un LinkdedList, así los tendrás todos.
Código:
LinkedList lista = new LinkedList();
rs = st.executeQuery(...);
while (rs.next()
{
Persona p= new Persona();
p.setRut (...);
p.setNombre (...);
lista.add (p);
}
Se bueno.