Hola
Afontcu:
Yo trabajé en un proyecto similar, también era un sudoku. ¿Cómo tienes organizadas las casillas? ¿Es con un elemento <TABLE>? ¿Con DIVs? Yo lo hice en su día con DIVs, dejando un espacio más amplio entre los grupos de tres que entre las celdas normales.
Quizás viendo el bucle que genera las casillas te pueda aportar algo.
Saludos.