Y en ambos casos tienen los mismos codecs instalados???
Dices que son los mismos Avis y a veces los toma y a veces no, el mismo tipo de archivo, o con diferentes archvios avi??
Debes aclarar ese punto, cuáles sí y cuáles no agarra el video y reconocer qué codec son los que no agarran, lo puedes revisar con el GSpot.
Lo del "no se que cosa que no puede", pues quién sabe, no