Como con cualquier consulta, primero debes completar la parte relacional, y después te preocupas por como mostrar los datos. O divide y vencerás.
En este caso, lo lógico es que primero obtengas las sumas de cada concepto. Aplicando los filtros y agrupando en cada subconsulta, puede ser una opción. No sé que motor de base de datos estás usando, y falta que proporciones más información como si acaso existen registros en Pagosextra para cada fabrica o no, o si la fecha final es inclusiva o exclusiva pero está es la solución más general que puedo darte:
Código:
SELECT f.Idfabrica,
f.Nombre,
(ISNULL(s.sueldo, 0) + ISNULL(pe.pagos, 0)) AS Total
FROM Fabricas AS f
LEFT JOIN (
SELECT Idfabrica,
SUM(sueldo) AS sueldo
FROM Sueldos
WHERE Fecha >= '20080101' AND Fecha < '20080131'
GROUP BY Idfabrica
) AS s
ON s.Idfabrica = f.Idfabrica
LEFT JOIN (
SELECT Idfabrica,
SUM(pagos) AS pagos
FROM Pagosextra
WHERE Fecha >= '20080101' AND Fecha < '20080131'
GROUP BY Idfabrica
) AS pe
ON pe.Idfabrica = f.Idfabrica