Esto seria como el SATA y el SATA2, quiero decir, si tienes un disco SATA 2 pero una placa no compatible, el disco funcionará, pero a la velocidad de la placa base, no a la del disco, para aprovechar las prestaciones del SATA 2, necesitas una placa que lo soporte, pues con el PCI-e algo similar, funcionar, funciona, pero no se aprovechará esa velocidad, lo cual es una perdida de rendimiento, mucho o poco...eso lo dicen los Benchmark .
Un saludo.