Puede ser que hayas descargado el Zip mal, además la versión 3.5 es todavía un poco inestable si vas a usarlo para aplicaciones ya de 2008 pues busca la forma de arreglarlo por que no se como
además parece ser que sea versión va a seguir cambiando hasta que no salga el vs2008 que ya lo va a tener instalado por defecto, te recomiendo que mejor uses la otra versión para .net 2.0 es estable y tiene los mismos controles, solo que la 3.5 esta un poco más cargada a lo que es la WPF.