Hola tenia el mismo problema y lo solucione de la siguiente forma
Código PHP:
$imagen2x = imagecreate($anchox,$altox);
imagecopyresampled($imagen2x,$imagen2,0,0,0,0,$anchox,$altox,$wsello,$hsello);
imagepng($imagen2x,"",100);
de esa forma el png conservo su transparencia, si aún así no te funciona
contactame por mp y te envio el codigo completo
Saludos.