Claro la ventaja que tiene este método es que carga asincronicamente las página sin recargar todo el código restante.
La forma que plnateás vos es conocida como programación modular, en donde el concepto es que mediante un "id" pasado por un querystring se elige que página se cargará.
A continuación el código:
Código PHP:
<div id="contenedor">
<?php
if (file_exists("$_SERVER[DOCUMENT_ROOT]/modulos/$_GET[id].php"))
include("$_SERVER[DOCUMENT_ROOT]/modulos/$_GET[id].php");
else include("$_SERVER[DOCUMENT_ROOT]/modulos/paginapordefecto.php");
?>
</div>
la url que se utilizaría en este caso sería algo así:
http://www.tudominio.com/index.php?id=modulo
Entonces cargará la página que vos le des por nombre de "modulo", y si no existiese o id sea nulo se cargará "paginapordefecto.php".
Saludos!