Hola CARLOSGOM80, bienvenido a los foros

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Siempre es preferible incrustar solo el código html/javascript... no todos sabemos interpretar php.
Cuando el nombre de un campo lleva un par de corchetes (para que php los interprete como array, debes poner ese nombre como una cadena entre corchetes...
y el índice en otros corchetes...
window.top.document.form1["check[]"][<?php echo $row3['cod_curso']; ?>].checked=true;
No sé si me lié con los corchetes.
Saludos