Hola sumolari, si mencionas que las máquinas de tu instituto borran todos los cambios al reiniciarlas, entonces lo mas probable es que tengan instaladas el Deep Freeze, así que por más que elimines el virus basta con reiniciar el sistema para que nuevamente el virus siga presente. Lo mas recomendable en este caso es informar de la infección a los responsables del laboratorio de cómputo para que descongelen el Deep freeze y realicen la desinfección respectiva, una vez desinfectado el sistema podrán congelar nuevamente la partición.
He visto que hay antivirus residentes en la memorias USB pero no tengo mucha información al respecto, sería cuestión de googlear un poco.
Saludos