Cada vez que haces una llamada window.open(), la función retorna un handler... un apuntado a esa nueva ventana al que puedes hacer un .close();
Algo así:
Código HTML:
<html>
<body>
<script type="text/javascript">
var aWindows = new Array();
function abreVentana() {
wh = window.open('about:blank', Math.random());
aWindows.push(wh);
}
function cierraVentana() {
for (i=0; i<aWindows.length; i++) {
aWindows[i].close();
}
}
</script>
<a href="#" onClick="abreVentana()">aaa</a>
<a href="#" onClick="cierraVentana()">ccc</a>
</body>
</html> Suerte