Te lo planteo como Oracle, adecualo a tu Manejador de base de Datos
Código:
select producto.nombre,
count(muestra.idproducto),
count(submuestra.idproducto)
from Producto, Muestra, Submuestra
where producto.idproducto = muestra.idproducto (+)
and producto.idproducto = submuestra.idproducto (+)
group by producto.nombre;