No tienes que hacer nada, sólo metes el .htaccess dentro de la carpeta raíz de tu web y el apache ya lo interpretará automáticamente. Para que deje de interpretarlo, borras el .htacces y listo. Eso siempre que el mod rewrite esté activado, vamos que sería muy raro que no lo esté en un nuevo servidor, pero si no existen muchos tutoriales en la red de cómo activarlo

(yo te puedo dar los pasos para un apache en windows, que es modificar un par de líneas del httpd.conf, pero para linux no sé si cambiará algo)
Y da igual que tengas uno o cien subdominios, el .htaccess se interpreta siempre que se use el mismo dominio. Para que te hagas una idea:
- Un usuario va a
http://loquesea.dominio.com
- El apache tiene configurado un virtualhost para el dominio.com y todos sus subdominios, luego ese virtualhost tendrá un directorio asociado (documentroot)
- Si dentro del documentroot existe un .htaccess, lo interpretará.
Puede darse el caso de que se interprete más de un .htaccess. Eso sucede por ejemplo cuando se accede a una subcarpeta (
http://subdominio.dominio.com/subcarpeta/...) y dentro de ella hay otro .htaccess, entonces se interpretan tanto el de la carpeta raíz como el de la subcarpeta (si hay algún conflicto entre ellos, por ejemplo que se defina un mismo permiso de acceso en ambos .htaccess, creo que prevalece el que tenga el de la subcarpeta)