Aquí en Fedora tengo instalado ambos: KDE3 desde repositorios (a nivel del sistema) y KDE4 compilado de SVN en una cuenta de usuario llamada kde-devel, tal como se explica en
Techbase. Además, puedes usar otros métodos, como el live-cd
KDE4Live o la imagen para Qemu
KDE4daily.
Entiendo que algunas distribuciones como openSUSE permiten tener ambas versiones instaladas al mismo tiempo a nivel del sistema, pero no estoy seguro.