Pues ya esta, acabo de ver unas pruebas y el mismo programa de Flash CS3 no acepta el formato MP4, ni lo codifica

Solo que esta referencia a la actualización sea para proyectores ajenos al Flash, pero que trabajen con video Flv, y que ahora soporten H264...
Además, esta actualización fue posterior al lanzamiento del CS3, entonces, posiblemente en la versión CS4 ya se cuente con la posibilidad de aceptar y codificar este formato