Hola
akende, si no me equivoco esas 2 DNS son la primaria para la Web y la secundaria apunta al servidor de correo, si cambias las 2 DNS por supuesto que afecta las cuentas de correo que tienes asociadas a dicho servidor porque estarian apuntando a un servidor distinto.
Si estoy equivocado, pues que me corrija alguien mas experto pero estoy seguro de que eso es asi. De todos modos pues te recomiendo que investigues mas en la Web, conseguiras bastante informacion util.
Saludos!!