Hola Agamenon...
Pues en principio, maquetar tus sites en CSS es algo que te ayuda mucho a ahorrarte tiempo de diseño y modificaciones, cosa que no se logra con las tablas.
Si son muchas las modificaciones que tendrías que hacer de las páginas que tienes actualmente, te aconsejaría que comenzaras desde 0, osea diseñando en CSS todo el sitio.
Si por el contrario ves que son muy pocas los arreglos, pues es cuestión de conocer el código de las páginas e ir optimizándolo para varios navegadores.
En conclusión sea como sea, es fácil, pero requiere de dedicación y tiempo.
Saludos