Un indice es una forma de indicar a MySQL que vas a realizar búsquedas por un campo particular para que a la hora de ejecutar la consulta puedas ubicar los datos con más rapidez.
En tu caso, el id probablemente sea un campo único auto_increment (por lo menos en definición). Si no es el caso, entonces te basta con crear un índice en el campo id... mira en:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...ate-index.html