Así y sin ver el código es un poco difícil. Este tipo de problemas es típico cuando se "programa" la página web en Windows y se sube a un servidor Unix.
Los problemas pueden ser:
- Unix diferencia las mayúsculas de las minúsculas y Windows no (pero ya eso lo sugirió valeguz)
- El delimitador de las rutas es ditinto: Windows utiliza los backslashes (\) y Unix utiliza los slashes (/)
- Windows utiliza nombre de unidades (c:, d:) y Unix no
En fin, que estos son los principales problemas cuando se programa "cross-SO"