No se si te he entendido bien, pero una solucion es utilizar un fichero .htpasswd con los usuarios passwords (por supuesto las password estaran encriptada).
Lo que debes hacer es referenciar dicho fichero .htpasswd desde tu .htaccess
Ejemplo:
Código:
AuthUserFile /path_completo_a_fichero/.htpasswd
AuthGroupFile /dev/null
AuthName "Acceso Restringido"
AuthType Basic
<Limit GET POST>
require valid-user
</Limit>
Options All MultiViews