Debes colocar el siguiente meta en ese php que no quieres eliminar del índice de Google:
<META NAME="ROBOTS" CONTENT="NOINDEX, NOFOLLOW">
De esa manera, la próxima que el bot visite ese documento lo quitará del índice. Si lo deseas quitar de manera urgente puedes realizarlo
desde aquí. (De igual modo debes agregar el meta anterior).
Si necesitas más info puedes consultar
aquí.
Éxitos!