Eliminar lineas vacias de un fichero de texto

[Computer XTress]

Deberías leer linea por linea y fijarte qué hay...

si solo tenes un \n entonces no la queres ahi... no haces nada.
si hay algo lo guardas en un $array[] = $linea; ó en una $variable .= $linea;

Luego gravas los nuevos contenidos sobre escribiendo lo que habia antes.

Perdona que no te pongo código, estoy sin dormir y podria cometer errores que tuviesen consecuencias en el futuro y eso es realmente muy peligroso.

Saludos!