Podrías colocar un if dentro del bucle que compare el incide con el numero en el cual quieres parar, y dentro de ese if poner alguna instrucción con un breakpoint. Con lo cual sólo se parará en el breakpoint cuando el índice llegue a ese número.
Código:
for(int i=0;i<limite;i++) {
// Código
if(i==10000) {
// aquí pones una instrucción con un breakpoint.
}
// Código
}