Cita:
Iniciado por segma 
es para un software especifico que acepta formato MPG-2, MOV y AVI.
Em, dices que acepta Avi's también... o cómo fue??? (el formato es AVI, los codecs dentro del Avi pueden ser Xvid, DivX o TCSS)
Para que un mpeg con subs pegados tengan calidad requieren un bitrate medio-alto, eso hace archivos más pesados, a menos que los montes mientras reproduce, pero no tengo idea de qué queiras hacer, entonces, pues no se.
Sobre los "filtros", no son aplicados sobre el timeline, son configurados a la hora de exportar, ahí si no se ajusta en Premiere vas a seguir teniendo mala calidad.