Hola:
Por poner unos ejemplos de iframes:
Gradientes (php + librerías GD), cada barra deslizante es un iframe... desde luego que sin javascript no funciona, pero no he encontrado ninguna forma mejor para evitar los iframes.
Inspector DOM, la interactividad entre frames es evidente... hacer un árbol del documento sería imposible sin una estructura de frames.
Iconos online, Cada miniatura de icono (se generan por cada archivo gráfico que selecciones) es un iframe... tal vez sea un caso que podría resolverse sin iframes, pero no quiero imaginarme la complejidad que tendría el código.
Creación de áreas en imágenes, para conseguir las coordenadas exactas, el mejor de los códigos que he probado es basado en iframes.
Probador de scripts, no te puedes imaginar su utilidad (sobre todo para crear páginas con el block de notas)... el corazón de la página es un iframe o un popup.
El corazón de esta otra página son los iframes y los tags embed:
Música en la web
Todos los casos son páginas interactivas... y me las han agradecido en muchas ocasiones... pero solo defiendo este tipo de páginas. Para las que solo estén basadas en el contenido, tal vez no sean aconsejables ni los marcos, ni los tags desaprobados... y las tablas, tal como mencioné anteriormente, reservarlas para mostrar datos con estructura tabular.
Saludos