A las ordenes, yo para webs prefiero siempre PHP MySQL, pero no utilizo Stored Procedures, igualmente tengo muchos soft en C# y VB 2003 y 2005, que utilizaban SQL y por problemas y dolores de cabeza estoy cambiando a MySQL, y en ellos si utilizo Stored Procedures, pero conservo las mañas jaja y utilizo phpMyAdmin como algo bien practico para trabajar con la base jaja, por eso tenia los datos ;)
A proposito si estas con esto, y no lo haz probado bajate las GUI Tools de MySQL están buenas sobre todo la de Migración y Query:
http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html
Documentación del Query:
http://dev.mysql.com/doc/query-browser/es/index.html
Entre varias cosas, podes armar y testear sentencias SQL y Stored Procedures.