Yo te recomendaría que utilizaras la opción de directorio y no la de subdominio.
Principalmente, porque por un tema de SEO, un subdominio es realmente "otra página" y te interesa que esto se acumule a las páginas de tu sitio.
Además es mucho más sencillo así. Más aún te recomiendo que los enlaces sean algo como:
http://dominio.com/usuarios/nombre_del_usuario
Para eso tienes dos opciones:
1.- mod_rewrite.
Tienes que colocar en tu .htaccess algo como
RewriteEngine On
RewriteRule ^/usuarios/([a-zA-Z0-9_]+)$ /perfil_usuario.php?nombre=$1
2.- Más fácil todavía colocas un 404 especial en el que obtienes la URL que se trató de accesar (no me acuerdo el valor de $_SERVER que te lo trae pero en la doc del PHP está) y si
if (preg_match('!/usuarios/([a-zA-Z0-9_]+)$', $laurl, $matches)) {
// código para mostrar el perfíl del usuario
} else {
header("Response: 404");
// imprimes una página de no se ha encontrado lo que buscas.
}
Saludos,