Se me ocurre una forma pero no creo que sea muy práctica, tal vez algún miembro conozca una mejor opción.
Podrías colocar en el body de cada una de tus páginas un onclose="funcionregistradora()" que mediante AJAX (se me ocurre) podrías llamar a un script PHP que guarde en la BD el resultado de time(). Al tenerlo en cada página a la que el usuario acceda esta función grabaría la fecha y hora de la última página del usuario.
Qué te parece?