Que tal Lyall.
 
Como sabras cada página ASPX tiene su codebehind, el cual se enlaza por medio de las directivas: 
 Código HTML:
     CodeFile="miCodigoClase.aspx.cs"  Inherits="miCodigoClase"
 CodeFile se refiere al archivo e Inherits a la clase, por lo tanto, debes de tener un archivo con el nombre 
miCodigoClase.aspx.cs, junto al  archivo 
miCodigoClase.aspx y además el archivo 
miCodigoClase.aspx.cs debe tener una clase del estilo: 
Código:
      public partial class miCodigoClase: System.Web.UI.Page
  Ahora bien, 
miCodigoClase, puede heredar de 
System.Web.UI.Page o de una clase que heredada( de System.Web.UI.Page) . 
Entonces seguramente algo le moviste ( me imagino ) al código que tegenera VS. 
Agrega una nueva página a tu sitio para que veas como pone estos elementos. 
Felices fiestas!