probando probando y probando, he dado con la solución.
El fallo estaba en el codigo html para incluir el flash:
Código:
<object width="425" height="355">
<param name="movie" value="http://localhost/wiki2/extensions/flashMovie/mediaplayer.swf"></param>
<param name="wmode" value="transparent"></param><param name="flashvars" value="file='.$this->url.'" />
<embed src="http://localhost/wiki2/extensions/flashMovie/mediaplayer.swf" type="application/x-shockwave-flash" wmode="transparent" width="425" height="355" flashvars="file='.$this->url.'"></embed>
</object>