No es muy seguro que digamos. Si tienes un archivo que se llame archivotal.jpg.html, pues será considerado como una imagen por tu script. Mejor usa esto:
Código PHP:
for($a="0";$a<=$cantidad;$a++)
{
if(pathinfo($archivos[$a],PATHINFO_EXTENSION) = "jpg")
{
$imagenes[] = $archivos[$a];
}
}
Un saludo,