Pues... agrego mis dos centavos:
Para _ssx, te cuento mi experiencia: Llevo trabajando en PHP desde 1999 aprox (cuando abandoné el uso de Perl para hacer páginas web
). Al principio trabajé mucho en una sola capa, y tiene sus beneficios, si lo que vas a hacer no tiene más que un par de páginas y la lógica es sencilla te puede hacer el proceso más rápido... pero sinceramente te recomendaría que pasaras a un paradigma de separación por capas. Tiene muchos beneficios para la comprensión del código y más importante todavía para el mantenimiento... créeme solemos subestimar el esfuerzo del mantenimiento y te lo dice alguien que viene del mundo de trabajar para clientes en desarrollo web por casi 7 años a trabajar ahora en mantener un producto... son dos mundos diferentes.
Cuidado, quiero ser claro con algo, trabajar en capas no es sinónimo de MVC, el paradigma/patrón MVC es algo que si lo adoptas, entonces estás separando las capas, pero se puede lograr lo mismo sin MVC.
Para metacortex, entiendo a lo que te refieres, en ocasiones veo a "programadores jóvenes" y cómo han llegado en una época en la que los lenguajes son de alto nivel y veo que tienen una perspectiva diferente a la mía. Pensando en mi evolución en la programación que ha pasado desde el Assembler a lenguajes de alto nivel, he tenido la oportunidad de ver cómo lo que haces se ejecuta en el procesador y se carga en los registros... y se a qué te refiere con el "poder".
Sin embargo, aunque siempre hay ineficiencias en los "paquetes" que te consigues, a la final en aras de la eficiencia los terminas adoptando. Por Dios, si no fuera así no estaríamos trabajando en un lenguaje interpretado!!!
En fin, en mi opinión, no hay algo se "debe" hacer, cada quien tiene necesidades particulares: si el servidor de un cliente trabaja 2000% de lo que debería, pero no va a recibir más de 500 hits al día, entonces no importa si un paquete existente es ineficiente si te reduce el tiempo de desarrollo a una centésima parte. Por otra parte si tienes que trabajar en alta escalabilidad horizontal, no uses ruby on rails aunque sea sencillo usa algo sobre lo que tengas más control directo.
Siento que he hablado mucho y dicho poco... pero es que la única respuesta válida es: depende... algo sí, uses MVC o no, uses Templating system o no, recomiendo la separación en capas.