En la llamada de OnClick agregale la variable del input y en abreventana agregalo como parametro:
Código PHP:
//en el input
<input type="button" onclick="AbreVentana(document.form.tuCampo.value)" />
//o tambien
<input type="button" onclick="AbreVentana($tuVariable)" />
//en la funcion
function AbreVentana(donde)
Luego agregala en el window.open asi:
Código PHP:
window.open("cadena.php?dato="+donde, "_blank", "toolbar=no,menubar=no,directories=no,status=yes,resizable=no,location=yes,scrollbars=yes");
Suerte